Andrew Peary und Robert Bain gründeten die Brennerei Miltonduff im Jahr 1824. Nach der Verabschiedung des Exercise Act richteten Peary und Bain die Brennerei als legalen Geschäftsbetrieb ein. Nach einem erfolgreichen Debüt im Jahr 1866 wurde die Brennerei von William Stuart gekauft. Im Jahr 1895 wurde Thomas Yool & Company Eigentümer, und einige Jahre später kontrollierte Yool die Brennerei weiterhin vollständig. Miltonduff hatte eine Produktionskapazität von 5,5 Millionen Litern. Damit war sie die größte Destillerie von Allied Distillers. Auch nach der Übernahme von Allied Domecq durch Pernod Ricard verfügt die Brennerei immer noch über eine der größten Kapazitäten der Gruppe, mit Ausnahme von Glenlivet, das eine größere Kapazität hat. Das für die Produktion verwendete Wasser wird aus Black Burn gewonnen.