Andrew Peary e Robert Bain fondarono la distilleria Miltonduff nel 1824. In seguito al superamento del Exercise Act, Peary e Bain stabilirono la distilleria come una legittima operazione commerciale. Dopo aver debuttato con successo nel 1866, la distilleria fu acquistata da William Stuart. Nel 1895 Thomas Yool & Company ne divenne proprietario e pochi anni dopo Yool continuò a controllare completamente la distilleria.
Miltonduff ha una capacità produttiva di 5,5 milioni di litri. In realtà era la più grande distilleria degli Allied Distillers. Anche dopo l'acquisizione di Allied Domecq da parte di Pernod Ricard, la distilleria ha ancora una delle maggiori capacità del gruppo, con la sola eccezione di Glenlivet che possiede una maggiore capacità. L'acqua utilizzata nella produzione è presa da Black Burn.