Le domaine a été fondé à Marsannay en 1910 par Henri Bouvier, grand-père de Bernard. René Bouvier, le père de Bernard, a repris le flambeau au milieu des années 1950 et a développé le domaine en achetant et en louant des parcelles de vignes, jusqu'à ce qu'il atteigne un total de 12 hectares en 1991. En 1992, Bernard a repris le flambeau et a continué à développer le Domaine René Bouvier. En 1998, il achète le Marsannay Le Clos (3 hectares) à Couchey, un monopole réputé pour la qualité de son vin blanc. C'est à cette époque qu'un hectare supplémentaire est ajouté à la cuvée Clos du Roy. En 2000, Bernard Bouvier commence à travailler avec des producteurs de premiers et grands crus et en 2001, les bases d'une nouvelle approche de la qualité sont posées : vendanges manuelles en petites caisses de 20 kg, avec tables de tri, fermentation par gravité, etc. La même année, 2 hectares sont acquis à Gevrey-Chambertin, dont les très vieilles vignes qui composent la cuvée Racine du Temps (vignes de 90 ans). 2006 marque un tournant, avec la construction d'une nouvelle cave à Gevrey-Chambertin, permettant des expérimentations (allongement de la durée de vieillissement, demi-muids (barriques de 600 litres) et cuves en béton ovoïdes) pour aller encore plus loin dans la qualité et la pureté des vins.
Bien que la gestion attentive des sols ait toujours été une priorité, la vinification biologique 100 % durable a officiellement débuté en 2009 (avec une certification à partir du millésime 2013). Depuis 2016, nous continuons à suivre la même philosophie de travail, mais sans certification officielle. En 2019, Bernard a repris les vignobles de son frère Régis, également en Côte de Nuits, entre Morey-Saint-Denis et Marsannay-La-Côte.