En 1998, le Comendador José Berardo devient l'actionnaire principal et poursuit la mission de l'entreprise en investissant dans la plantation de nouveaux vignobles, la modernisation des caves et l'acquisition de nouvelles propriétés, dont un partenariat avec le groupe Lafitte Rothschild à Quinta do Carmo. En 2007, Bacalhôa devient l'actionnaire principal d'Aliança, l'un des producteurs les plus prestigieux dans les catégories des vins effervescents, des eaux-de-vie et des vins de table de haute qualité. L'année suivante, la société a acquis Quinta do Carmo, portant ainsi ses actifs agricoles à 1 200 hectares de vignobles. Bacalhôa possède des caves dans les régions les plus importantes du Portugal : Alentejo, péninsule de Setúbal (Azeitão), Lisbonne, Bairrada, Dão et Douro.